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查询Tags标签： GWAS，共有 3条记录-
使用 emmax 进行GWAS分析
001、root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --recode 12 transpose --out emmax_format 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls emmax_format.log emmax_format.tfam emmax_format.tped gwas_test.ma…
2022/7/31 6:22:58 人评论 次浏览 -
linux shell实现 GWAS显著性区域的合并
001、root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls record.sh region.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# wc -l region.bed ## 测试数据 1058 region.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# head -n 5 region.bed ## 测试数据 Chr1 1560051 1570051 3.6112E-10…
2022/7/21 5:26:09 人评论 次浏览 -
运用gemma软件做GWAS
首先基因型文件满足plink格式，生成包含有ped.map及二进制的bed.bim和fam即可； ./gemma-0.98.1-linux-static -bfile g -gk 2 -p p.txt -o gemma 亲缘关系矩阵； ./gemma-0.98.1-linux-static -bfile g -k ./output/gemma.sXX.txt -lmm 1 -p p.txt -c c.txt -o gemma_out…
2022/3/2 6:17:55 人评论 次浏览
