galaxy circos(二)imported: Circos: Cancer Genomics & Chromothripsis

2021/4/19 18:29:32

本文主要是介绍galaxy circos(二)imported: Circos: Cancer Genomics & Chromothripsis,对大家解决编程问题具有一定的参考价值,需要的程序猿们随着小编来一起学习吧!

今天来记录galaxy circos给出的第二个例子:Cancer Genomics & Chromothripsis。跟之前一样,先搜索,导入历史。

可以看到,这个范例中一共有20条记录,找到第20条记录Circos Plot,点击重新运行当前任务。

一.Karyotype

 

 看一下5号文件Karyotype:

 

 决定了我们的图最外圈的设计,其中第一和第二列是固定的,第3列是序列的代号,第4列是序列的实际名称(label),第5和第6列是位置,第7列指定颜色。

 

二.2D Data Track

1.插入的第一张2d图,半径为0.95~0.8,类型是散点图,文件是13号,最小值和最大值分别为-1和1。

 

 插入两条规则,第一条规定点的值在0.15以上的显示为绿色:

 

 第二条规定值在0.15以下的显示为红色:

 

 此处还添加了Axes小板块,设置radius(和track的位置关系),颜色为黑色,厚度为1,间隔为0.5:

 

 2.第2张2d图也是一张散点图,位置在0.75~0.6,选择第10号文件,值在0~1之间:

 

 10号文件:

 

 设置Axes,因为在更内圈,所以把spacing改小一半:

 

 

三.Link Tracks

之前没有涉及到这一板块的应用,这里一起来看一下:

 

 半径为0.55,选择文件12号,link类型为basic,选择黑色,透明度选择不透明,厚度为1,Link的弯曲度也可以设置,在Bezier Radius设为0.3。

Advanced Settings小板块:

 

 crest为波峰,当值为0时,没有影响。

 

 设置link在染色体之间。

插入第2个link,半径为0.35,选择文件12号,选择link类型为basic,颜色为红色,不透明,厚度为2,Bezier Radius为0。

 

 高级设置:

 

 连线类型为染色体内部:

 

 

四.General

 

五.ideogram

设置序列的配色方案,长度单位Mb,间隔0.005,半径0.85,厚度50。

 

 设置标签,半径为0.075,字体大小为64,以及位置:

 

 设置Band:

 

Ticks和Hightlights板块都没有设置。

点击执行,出图:

 



这篇关于galaxy circos(二)imported: Circos: Cancer Genomics & Chromothripsis的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对大家有所帮助,也希望大家多多支持为之网!


扫一扫关注最新编程教程