【软件安装】重测序注释——snpEff 的使用
2021/8/5 23:06:02
本文主要是介绍【软件安装】重测序注释——snpEff 的使用,对大家解决编程问题具有一定的参考价值,需要的程序猿们随着小编来一起学习吧!
下载软件包:
https://pcingola.github.io/SnpEff/ # 软件网址
snpEff_latest_core.zip # 软件名
解压到指定文件夹:
unzip snpEff_latest_core.zip # 于指定文件夹解压
cd snpEff # 进入snpEff文件夹
vi snpEff.config # 打开配置文件,并新增一行:db1.genome : aaa,然后保存
mkdir data # 新建数据文件夹
cd data # 进入数据文件夹
mkdir db1 # 新建物种名文件夹,db1为用户命名
mkdir genomes # 新建genome 数据放置文件
cp db1* db1 # 将所有db1相关的文件拷贝进db1
cd db1 # 进入目录,准备好注释文件:将gff等文件重命名为 genes.gff protein.fa regulation.gff 等
mv db1.fa ../genomes/db1.fa # 准备好基因组序列文件
cd ../.. # 进入snpEff文件夹
java -jar snpEff.jar build -gff3 -v db1 # 建库
cd /abyss/soft/snpEff; java -Xmx8g -jar snpEff.jar db1 snp.vcf > snp.ann.vcf
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