Biopython | 计算蛋白质的接触图(contact map)
2021/11/3 14:09:50
本文主要是介绍Biopython | 计算蛋白质的接触图(contact map),对大家解决编程问题具有一定的参考价值,需要的程序猿们随着小编来一起学习吧!
contact map
蛋白质接触图使用二元二维矩阵表示三维蛋白质结构的所有可能的氨基酸残基对之间的距离。
计算contact map
导入库
import pandas as pd import numpy as np from Bio import SeqIO import matplotlib.pyplot as plt import requests from sklearn.metrics import pairwise_distances %matplotlib inline
定义坐标提取函数
def get_ca_coords(pdb='1LUC', chain='A'): url = f'https://files.rcsb.org/download/{pdb}.pdb' r = requests.get(url) r.raise_for_status() lines = r.text.splitlines() out = [] for line
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