C++实现DBSCAN密度聚类算法
2021/12/15 12:16:57
本文主要是介绍C++实现DBSCAN密度聚类算法,对大家解决编程问题具有一定的参考价值,需要的程序猿们随着小编来一起学习吧!
一、基本概念
可以用1,2,3,4来总结DBSCAN的基本概念。
1个核心思想:基于密度
直观效果上看,DBSCAN算法可以找到样本点的全部密集区域,并把这些密集区域当做一个一个的聚类簇。
2个算法参数:邻域半径R和最少点数目minpoints
这两个算法参数实际可以刻画什么叫密集——当邻域半径R内的点的个数大于最少点数目minpoints时,就是密集。
3种点的类别:核心点,边界点和噪声点
邻域半径R内样本点的数量大于等于minpoints的点叫做核心点。不属于核心点但在某个核心点的邻域内的点叫做边界点。既不是核心点也不是边界点的是噪声点。
4种关系:密度直达,密度可达,密度相连,非密度相连
如果P为核心点,Q在P的R邻域内,那么称P到Q密度直达。任何核心点到其自身密度直达,密度直达不具有对称性,如果P到Q密度直达,那么Q到P不一定密度直达。
如果存在核心点P2,P3,……,Pn,且P1到P2密度直达,P2到P3密度直达,……,P(n-1)到Pn密度直达,Pn到Q密度直达,则P1到Q密度可达。密度可达也不具有对称性。
如果存在核心点S,使得S到P和Q都密度可达,则P和Q密度相连。密度相连具有对称性,如果P和Q密度相连,那么Q和P也一定密度相连。密度相连的两个点属于同一个聚类簇。
如果两个点不属于密度相连关系,则两个点非密度相连。非密度相连的两个点属于不同的聚类簇,或者其中存在噪声点。
二、算法描述
DBSCAN 算法对簇的定义很简单,由密度可达关系导出的最大密度相连的样本集合,即为最终聚类的一个簇。
DBSCAN 算法的簇里面可以有一个或者多个核心点。如果只有一个核心点,则簇里其他的非核心点样本都在这个核心点的 Eps 邻域里。如果有多个核心点,则簇里的任意一个核心点的 Eps 邻域中一定有一个其他的核心点,否则这两个核心点无法密度可达。这些核心点的 Eps 邻域里所有的样本的集合组成一个 DBSCAN 聚类簇。
DBSCAN算法的描述如下。
输入:数据集,邻域半径 Eps,邻域中数据对象数目阈值 MinPts;
输出:密度联通簇。
处理流程如下。
1)从数据集中任意选取一个数据对象点 p;
2)如果对于参数 Eps 和 MinPts,所选取的数据对象点 p 为核心点,则找出所有从 p 密度可达的数据对象点,形成一个簇;
3)如果选取的数据对象点 p 是边缘点,选取另一个数据对象点;
4)重复(2)、(3)步,直到所有点被处理。
DBSCAN 算法的计算复杂的度为 O(n²),n 为数据对象的数目。这种算法对于输入参数 Eps 和 MinPts 是敏感的。
代码实现逻辑如下:
1)计算每个point的eps范围内的point数量pts;
2)对于所有pts >Minpts的point,记为Core point;
3)对于所有的corepoint,将其eps范围内的core point下标添加到vector集合(vector<int> neighborCoreIdx)中;
4)遍历所有的corepoint,采用深度优先的方式遍历它的neighborCoreIdx集合,使得相互连接的core point具有相同的cluster编号;
5)对所有pts < Minpts且在Core point 范围内的点,记为Borderpoint;
若某个Borderpoint点在某个Core point的eps范围内,则让该Borderpoint点的cluster编号等于这个Core point的cluster编号;
6)剩余的point的为Noise point;
程序结束。
三、代码实现
看了几个其他博客的代码,但是感觉很乱,有的运行出错,或者是展示效果差。本人自己整理了一份可以使用和展示的代码,运行无误! 加了很多帮助理解的注释,浅显易懂!
/* DBSCAN Algorithm @author:TheQuiteSunshine */ #include <iostream> #include <sstream> #include <fstream> #include <vector> #include <ctime> #include <cstdlib> #include <limits> #include <cmath> #include <map> using namespace std; //为了便于可视化展示算法效果,引入OpenCV库。 #include "opencv2/highgui/highgui.hpp" #include "opencv2/core/core.hpp" #include "opencv2/imgproc/imgproc.hpp" using namespace cv; /* * @样本点类型 *-- 邻域半径R内样本点的数量大于等于minpoints的点叫做核心点。 *-- 不属于核心点但在某个核心点的邻域内的点叫做边界点。 *-- 既不是核心点也不是边界点的是噪声点。 */ enum ESampleType { NOISE = 1, BORDER = 2, CORE = 3, }; struct point { public: float x; float y; int cluster = 0; //所属类别(一个标识代号,属于同一类的样本具有相同的cluster) //邻域半径R内样本点的数量大于等于minpoints的点叫做核心点。 //不属于核心点但在某个核心点的邻域内的点叫做边界点。既不是核心点也不是边界点的是噪声点 int pointType = NOISE; // 1:noise 2:border 3:core (初始默认为噪声点) int pts = 0; //points in MinPts (指定领域内样本点的个数) vector<int> neighborCoreIdx; //对所有的corepoint,将其eps范围内的core point下标添加到vector<int> neighborCoreIdx中 int visited = 0; //是否被遍历访问过 point() { } point(float a, float b) { x = a; y = b; //cluster = c; } }; float stringToFloat(string i) { stringstream sf; float score = 0; sf << i; sf >> score; return score; } //读取文本文件,从中解析出数据。 vector<point> openFile(const char *dataset) { fstream file; file.open(dataset, ios::in); if (!file) { cout << "Open File Failed!" << endl; vector<point> a; return a; } vector<point> data; int i = 1; while (!file.eof()) { string temp; file >> temp; int split = temp.find(',', 0); point p(stringToFloat(temp.substr(0, split)), stringToFloat(temp.substr(split + 1, temp.length() - 1))); data.push_back(p); } file.close(); cout << "successful!" << endl; return data; } //计算平面内两点之间的距离 float squareDistance(point a, point b) { return sqrt((a.x - b.x) * (a.x - b.x) + (a.y - b.y) * (a.y - b.y)); } /** @brief DBSCAN聚类算法 @param dataset:输入样本数据 [in][out]参数 @param Eps:领域半径 @param MinPts:聚类中心的下标 @return :返回每个样本的类别,类别从1开始,0表示未分类或者分类失败 */ void DBSCAN(vector<point> &dataset, float Eps, int MinPts) { int count = 0; int len = dataset.size(); //calculate pts cout << "计算各点的邻域数量" << endl; for (int i = 0; i < len; i++) { //特别注意 !!! 这里如果j从i开始,表明某点的邻域范围内样本数量包含自己,若j从i+1开始则不包含自己。 for (int j = i; j < len; j++) { if (squareDistance(dataset[i], dataset[j]) < Eps) { dataset[i].pts++; dataset[j].pts++; } } } //core point ,若某个点在其领域Eps范围内的点个数>=MinPts,称该点为core point核心点 cout << "寻找核心点" << endl; //核心点集合索引(索引为样本点原本的索引,从0开始) vector<int> corePtInxVec; for (int i = 0; i < len; i++) { if (dataset[i].pts >= MinPts) { dataset[i].pointType = CORE; dataset[i].cluster = (++count); corePtInxVec.push_back(i); printf("样本(%.1f, %.1f)的邻域点数量为:%d,被确立为核心点, cluster:%d\n", dataset[i].x, dataset[i].y, dataset[i].pts, dataset[i].cluster); } } //合并core point cout << "合并核心点" << endl; for (int i = 0; i < corePtInxVec.size(); i++) { for (int j = i + 1; j < corePtInxVec.size(); j++) { //对所有的corepoint,将其eps范围内的core point下标添加到vector<int> corepts中 if (squareDistance(dataset[corePtInxVec[i]], dataset[corePtInxVec[j]]) < Eps) { dataset[corePtInxVec[i]].neighborCoreIdx.push_back(corePtInxVec[j]); dataset[corePtInxVec[j]].neighborCoreIdx.push_back(corePtInxVec[i]); printf("核心点%.1f, %.1f)与核心点%.1f, %.1f)处在半径范围内,相互连接,可以合并\n", dataset[corePtInxVec[i]].x, dataset[corePtInxVec[i]].y, dataset[corePtInxVec[j]].x, dataset[corePtInxVec[j]].y); } } } //对于所有的corepoint,采用深度优先的方式遍历每个core point的所有corepts,使得相互连接的core point具有相同的cluster编号 for (int i = 0; i < corePtInxVec.size(); i++) { for (int j = 0; j < dataset[corePtInxVec[i]].neighborCoreIdx.size(); j++) { int idx = dataset[corePtInxVec[i]].neighborCoreIdx[j]; dataset[idx].cluster = dataset[corePtInxVec[i]].cluster; } } //不属于核心点但在某个核心点的邻域内的点叫做边界点 cout << "边界点,把边界点加入到靠近的核心点" << endl; //border point,joint border point to core point for (int i = 0; i < len; i++) { if (dataset[i].pointType == CORE) //忽略核心点 continue; for (int j = 0; j < corePtInxVec.size(); j++) { int idx = corePtInxVec[j]; //核心点索引 if (squareDistance(dataset[i], dataset[idx]) < Eps) { dataset[i].pointType = BORDER; dataset[i].cluster = dataset[idx].cluster; printf("样本(%.1f, %.1f)被确立为边界点, cluster:%d\n", dataset[i].x, dataset[i].y, dataset[i].cluster); break; } } } cout << "输出结果:" << endl; for (int i = 0; i < len; i++) { if (dataset[i].pointType == CORE) { printf("CORE: x:%.2f, y:%.2f cluster:%d\n", dataset[i].x, dataset[i].y, dataset[i].cluster); } else if (dataset[i].pointType == BORDER) { printf("BORDER: x:%.2f, y:%.2f cluster:%d\n", dataset[i].x, dataset[i].y, dataset[i].cluster); } else { printf("NOISE: x:%.2f, y:%.2f cluster:%d\n", dataset[i].x, dataset[i].y, dataset[i].cluster); } } // for(int i=0;i < corePoint.size(); i++) // { // clustering<<corePoint[i].x<<","<<corePoint[i].y<<","<<corePoint[i].cluster<<"\n"; // } } /* *@生成随机颜色 */ cv::Scalar random_color() { static cv::RNG _rng(10086); unsigned icolor = (unsigned)_rng; return cv::Scalar(icolor & 0xFF, (icolor >> 8) & 0xFF, (icolor >> 16) & 0xFF); } int main(int argc, char **argv) { //加载数据 vector<point> dataset = openFile("dataset.txt"); float radius = 2.0; //邻域半径R int MinPts = 2; //邻域半径R内样本点的数量大于等于minpoints的点叫做核心点 //DBSCAN算法进行聚类 DBSCAN(dataset, radius, MinPts); //设置了6种不同的颜色 const int colorCnts = 6; cv::Scalar colors[] = {cv::Scalar(255, 100, 80), cv::Scalar(0, 255, 0), cv::Scalar(0, 0, 255), cv::Scalar(0, 255, 255), cv::Scalar(255, 0, 255), cv::Scalar(255, 255, 0)}; //画出原始数据分布图 cv::Point offset(10, 10); //所有样本均加上这个偏移、防止离原点太近影响视觉显示效果 cv::Mat originalMat = cv::Mat::zeros(cv::Size(300, 300), CV_8UC3); for (size_t i = 0; i < dataset.size(); i++) { cv::Point pt = offset + cv::Point(dataset[i].x * 10, dataset[i].y * 10); cv::circle(originalMat, pt, 2, cv::Scalar(0, 0, 255), 2); } cv::imshow("original data", originalMat); //画出结果示意图,不同的cluster样本点用不同的颜色表示。 map<int, cv::Scalar> clusterMap; map<int, cv::Scalar>::iterator it; cv::Mat resultMat = cv::Mat::zeros(cv::Size(300, 300), CV_8UC3); cv::Scalar color; for (size_t i = 0; i < dataset.size(); i++) { it = clusterMap.find(dataset[i].cluster); if (it == clusterMap.end()) //首次出现,为该cluster随机分配一组颜色。 { color = random_color(); clusterMap.insert(std::make_pair(dataset[i].cluster, color)); } else color = it->second; cv::Point pt = offset + cv::Point(dataset[i].x * 10, dataset[i].y * 10); cv::circle(resultMat, pt, 2, color, 2); } cv::imshow("cluster data", resultMat); cv::waitKey(0); getchar(); return 0; }
附程序所使用的dataset.txt文件:
0,0 3,8 2,2 1,1 5,3 4,8 6,3 5,4 6,4 7,5 12,4 12,5 12,6 13,4 17,8 18,9
四、代码运行效果
五、参考资料
鸣谢:
聚类算法-DBSCAN-C++实现_k76853的专栏-CSDN博客_c++ dbscan
DBSCAN详解_hansome_hong的博客-CSDN博客_dbscan
这篇关于C++实现DBSCAN密度聚类算法的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对大家有所帮助,也希望大家多多支持为之网!
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