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查询Tags标签: 分子动力学,共有 2条记录
  • Numpy计算近邻表时间对比

    技术背景 所谓的近邻表求解,就是给定N个原子的体系,找出满足cutoff要求的每一对原子。在前面的几篇博客中,我们分别介绍过CUDA近邻表计算与JAX-MD关于格点法求解近邻表的实现。虽然我们从理论上可以知道,用格点法求解近邻表,在复杂度上肯定是要优于传统的算法。本文主…

    2024/1/10 11:02:22 人评论 次浏览
  • 使用numpy计算分子内坐标

    技术背景 当我们打开一个用于表示分子构象的xyz文件或者pdb文件,很容易可以理解这种基于笛卡尔坐标的空间表征方法。但是除了笛卡尔坐标表示方法之外,其实也有很多其他的方法用于粗粒化或者其他目的的表征方法,比如前一篇文章中所介绍的在AlphaFold2中所使用的残基的刚…

    2023/6/9 14:22:16 人评论 次浏览
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