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查询Tags标签: TCGA,共有 4条记录-
1. Linux下载TCGA数据:(操作简单,我起码可以看懂)
参考:(17条消息) tcga 数据下载 - CSDN下载过程如图所示 gdc官网上找到了gdc-clinnet,复制链接,wget 下载和unzip解压后 manifest.2022-04-20.txt 是提前在GDC选择好case和files 后下载的,然后上传到linux 的TCGA文件夹
2022/4/21 7:25:25 人评论 次浏览 -
task6b-哦别做梦了-TP53在TCGA的肝癌的有配对样本病人的转录组数据表达量配对图
作业链接 0.作业题目 从ucsc的xena浏览器里面下载感兴趣癌症,比如肝癌的表达矩阵(counts值)然后根据样本名字拿到有配对的几十个病人的癌症和正常对照数据(部分癌症数据并没有对照)接着提取感兴趣基因(比如TP53)的表达量最后套用上面的绘图代码即可! 1.数据下载…
2021/10/16 6:17:18 人评论 次浏览 -
task6b-哦别做梦了-TP53在TCGA的肝癌的有配对样本病人的转录组数据表达量配对图
作业链接 0.作业题目 从ucsc的xena浏览器里面下载感兴趣癌症,比如肝癌的表达矩阵(counts值)然后根据样本名字拿到有配对的几十个病人的癌症和正常对照数据(部分癌症数据并没有对照)接着提取感兴趣基因(比如TP53)的表达量最后套用上面的绘图代码即可! 1.数据下载…
2021/10/16 6:17:18 人评论 次浏览 -
TCGA 数据资源
1. cBio数据库 (https://www.cbioportal.org/)此数据库信息相对较全,日常可用 左侧区域是各种癌症组织的研究,数字表示某肿瘤中研究个数。中间是所有研究,可根据左侧栏选择,默认显示全部。小书的图标点开可以下载pubmed文献资源及数据;饼图图标可以看某癌症详细分类…
2021/4/23 10:31:30 人评论 次浏览