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查询Tags标签： fasta，共有 9条记录-
原来sed不支持非贪婪匹配
场景 从GISAID上面批量下载下来的序列id很长，格式如下：太长了，并且makeblastdb的时候-parse_seqids参数会导致报错，大概是长度太长不符合要求无法处理之类的。 不作处理去掉-parse_seqids也没问题，不过怕后期引起不必要的麻烦，这个时候就需要处理一下这些id sed 想着…
2022/9/15 23:20:07 人评论 次浏览 -
python 中实现按照 fasta文件的scaffold进行排序
001、 方法1[email protected]:/home/test# ls a.fasta test.py [email protected]:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.fasta", "r") dict1 = dict()for i in in_file:i = i.strip()i…
2022/8/16 14:55:45 人评论 次浏览 -
python中提取原始序列名字第一个空格前的名字作为的序列名字，输出到屏幕
001、(base) [email protected]:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) [email protected]:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >gene1 myc AGCTGCCTAAGC GGCATAGCTAATCG >gene2 jun ACCGAATCGGAGCGATG GGCATTAAAGATCTAGCT >gene3 malat1 A…
2022/8/14 14:54:14 人评论 次浏览 -
python中实现依据序列名称排序并输出
001、(base) [email protected]:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) [email protected]:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >gene2 myc AGCTGCCTAAGC GGCATAGCTAATCG >gene1 jun ACCGAATCGGAGCGATG GGCATTAAAGATCTAGCT >gene4 …
2022/8/14 1:53:56 人评论 次浏览 -
python 学习之 fasta/fastq 处理利器--pyfastx
001、 fasta序列迭代(base) [email protected]:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >gene1 myc AGCTGCCTAAGC GGCATAGCTAATCG >gene2 jun ACCGAATCGGAGCGATG GGCATTAAAGATCTAGCT >gene3 malat1 AGGCTAGCGAG GCGCGAG GATTAGGCG >>> impo…
2022/8/13 1:25:21 人评论 次浏览 -
python 中实现将fasta文件中碱基以每行指定数目输出
001、测试数据[root@PC1 test2]# ls a.fa test.py [root@PC1 test2]# cat a.fa ## 测试数据 >OR4F5_ENSG00000186092_ENST00000641515_61_1038_2618 CCCAGATCTCTTCAGTTTTTATGCCTCATTCTGTGAAAATTGCTGTAGTCTCTTCCAGTTATGAAGAAGGTAACTGCAGAGGCTATTTCCTGGAATGAATCAAC…
2022/6/8 1:20:13 人评论 次浏览 -
linux shell中将fasta文件按照每行指定碱基数输出
1、测试数据root@PC1:/home/test# ls record.txt test.fa root@PC1:/home/test# cat test.fa >OR4F29_ENSG00000284733_ENST00000426406_20_955_995 AGCCCAGTTGGCTGGACCAATGGAT GGAGAGAATCACTCAGTGGTATCTGAG TTTTTGTTTCTGGGACTC >OR4F16_ENSG00000284662_ENST00000…
2022/2/3 7:12:27 人评论 次浏览 -
【fastqe】有趣的表情包版fastqc
FASTQ with Emoji = FASTQE
2022/1/13 23:03:44 人评论 次浏览 -
【fastqe】有趣的表情包版fastqc
FASTQ with Emoji = FASTQE
2022/1/13 23:03:44 人评论 次浏览
