搜索结果
查询Tags标签： fastq，共有 11条记录-
python 中实现切除fastq文件序列的前后若干碱基
001、[email protected]:/home/test# ls a.fastq test.py [email protected]:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.fastq", "r") out_file = open("result.txt", "w") di…
2022/8/16 1:23:47 人评论 次浏览 -
python 中统计fastq文件中 GC含量
001、[email protected]:/home/test# ls a.fastq test.py [email protected]:/home/test# cat a.fastq ## 测试fastq文件 @DJB775P1:248:D0MDGACXX:7:1202:12362:49613 TGCTTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAA + JJJJJIIJJJJJJH…
2022/8/16 1:23:26 人评论 次浏览 -
python 学习之 fasta/fastq 处理利器--pyfastx
001、 fasta序列迭代(base) [email protected]:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >gene1 myc AGCTGCCTAAGC GGCATAGCTAATCG >gene2 jun ACCGAATCGGAGCGATG GGCATTAAAGATCTAGCT >gene3 malat1 AGGCTAGCGAG GCGCGAG GATTAGGCG >>> impo…
2022/8/13 1:25:21 人评论 次浏览 -
【fastqe】有趣的表情包版fastqc
FASTQ with Emoji = FASTQE
2022/1/13 23:03:44 人评论 次浏览 -
【fastqe】有趣的表情包版fastqc
FASTQ with Emoji = FASTQE
2022/1/13 23:03:44 人评论 次浏览 -
python 遍历大文件，处理数据时，时时把变量保存到文件，不增大变量，节省内存
# 多用write()def split_file(infile, n_parts, outdir):if not os.path.exists(infile):sys.stderr.write("Error: Cant find file: %s\n" % infile)sys.exit(1)fqname, ext = , if infile.endswith(".fastq.gz"):fqname = os.path.basename(infile)…
2022/1/5 7:10:47 人评论 次浏览 -
python 遍历大文件，处理数据时，时时把变量保存到文件，不增大变量，节省内存
# 多用write()def split_file(infile, n_parts, outdir):if not os.path.exists(infile):sys.stderr.write("Error: Cant find file: %s\n" % infile)sys.exit(1)fqname, ext = , if infile.endswith(".fastq.gz"):fqname = os.path.basename(infile)…
2022/1/5 7:10:47 人评论 次浏览 -
2021-10-26 宏基因组 分析(个人笔记2)
代码涉及软件、数据库都是绝对路径 source /home/dengqr/miniconda3/bin/activate conda config --set auto_activate_base truefind *log |wc -l#备份数据 【原始数据不动original】 cp -r 00data 00data2#数据上次确认 ls -l | grep ".gz$" > 1.txt查看虚…
2021/10/26 23:16:46 人评论 次浏览 -
2021-10-26 宏基因组 分析(个人笔记2)
代码涉及软件、数据库都是绝对路径 source /home/dengqr/miniconda3/bin/activate conda config --set auto_activate_base truefind *log |wc -l#备份数据 【原始数据不动original】 cp -r 00data 00data2#数据上次确认 ls -l | grep ".gz$" > 1.txt查看虚…
2021/10/26 23:16:46 人评论 次浏览 -
linux系统中while循环一次传入多个变量
1、测试数据[root@centos79 test]# cat reads.list sample01 /home/test/sample01 /home/test/sample01_2.fq.gz sample02 /home/test/sample02 /home/test/sample02_2.fq.gz sample03 /home/test/sample03 /home/test/sample03_2.fq.gz sample04 /home/test/sample04…
2021/8/7 7:06:27 人评论 次浏览 -
linux系统中while循环一次传入多个变量
1、测试数据[root@centos79 test]# cat reads.list sample01 /home/test/sample01 /home/test/sample01_2.fq.gz sample02 /home/test/sample02 /home/test/sample02_2.fq.gz sample03 /home/test/sample03 /home/test/sample03_2.fq.gz sample04 /home/test/sample04…
2021/8/7 7:06:27 人评论 次浏览
