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查询Tags标签： plink，共有 11条记录-
plink：Error: Line X of .ped file has fewer tokens than expected.
运行命令plink --file test1 --het --out test_het出现的报错："Error: Line 135 of .ped file has fewer tokens than expected." 出现这种报错有两种原因： 1、map文件的SNP数量与ped的数量对应不上； 2、缺失值少了一个0，如下图所示：这种情况解决办法就是把…
2022/8/16 23:24:08 人评论 次浏览 -
使用 emmax 进行GWAS分析
001、root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --recode 12 transpose --out emmax_format 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls emmax_format.log emmax_format.tfam emmax_format.tped gwas_test.ma…
2022/7/31 6:22:58 人评论 次浏览 -
linux shell脚本实现 xx.hmp.txt格式数据转换为plink格式
001、测试数据root@PC1:/home/test# ls mdp_genotype_test.hmp.txt record.sh root@PC1:/home/test# head -n 5 mdp_genotype_test.hmp.txt | cut -f 1-13 ## 测试数据 rs alleles chrom pos strand assembly center protLSID assayLSID …
2022/7/29 5:22:44 人评论 次浏览 -
plink 软件中 --check-sex参数
1、--check-sex用于验证性别信息是否可靠。 检测依据是对x染色体进行纯合度F值统计。001、root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/GWA_tutorial/1_QC_GWAS/test# ls HapMap_3_r3_5.bed HapMap_3_r3_5.bim HapMap_3_r3_5.fam ## 检测性别异常个体 root@DESKTOP-1N42TV…
2022/7/12 23:23:57 人评论 次浏览 -
linux系统shell实现统计 plink文件基因频率
1、[root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash#step1 check consistence of columns temp1=`head -n 1 $1 | awk {print NF}` for i in $(seq `sed -n "$=" $1`) do temp2=$(sed -n "$i"p $1 | awk {print NF}) if [ $temp2 -ne $temp1 ] then e…
2021/10/31 7:12:44 人评论 次浏览 -
linux系统shell实现统计 plink文件基因频率
1、[root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash#step1 check consistence of columns temp1=`head -n 1 $1 | awk {print NF}` for i in $(seq `sed -n "$=" $1`) do temp2=$(sed -n "$i"p $1 | awk {print NF}) if [ $temp2 -ne $temp1 ] then e…
2021/10/31 7:12:44 人评论 次浏览 -
linux系统shell实现统计 plink文件基因频率
1、[root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash#step1 check consistence of columns temp1=`head -n 1 $1 | awk {print NF}` for i in $(seq `sed -n "$=" $1`) do temp2=$(sed -n "$i"p $1 | awk {print NF}) if [ $temp2 -ne $temp1 ] then e…
2021/10/31 7:12:35 人评论 次浏览 -
linux系统shell实现统计 plink文件基因频率
1、[root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash#step1 check consistence of columns temp1=`head -n 1 $1 | awk {print NF}` for i in $(seq `sed -n "$=" $1`) do temp2=$(sed -n "$i"p $1 | awk {print NF}) if [ $temp2 -ne $temp1 ] then e…
2021/10/31 7:12:35 人评论 次浏览 -
git | Windows下如何利用Linux的命令
痛点在windows下，我也想用awk，sed，grep这Linux的三剑客，怎么办？之前我时安装的cywin软件，很麻烦，而且界面不好看，用着不方便。有没有方便一点，简单一点的软件呢？答案就是：gitgit不能做什么？毕竟不是Linux系统，它是不能安装运行Linux软件的。它可以用Linux的形…
2021/6/2 7:23:33 人评论 次浏览 -
如何查看显著性SNP在数据中的频率？
我们做完GWAS的关联分析后需要查看显著性SNP在我们数据中的频率分布情况。这时候我们需要用到plink和我们做关系分析所用的二进制文件datas.第一步，我们用R语言读取分析结果，即*.assoc文件，按P值倒序排列，即出现上图的结果。 第二步，查看单个SNP位点（即上述结果中的…
2021/4/20 18:25:23 人评论 次浏览 -
Shell中使用plink工具实现远程批量关机
这篇文章主要介绍了Shell中使用plink工具实现远程批量关机,Plink 是命令行工具,执行远程服务器上的命令,需要的朋友可以参考下
2019/7/10 21:48:47 人评论 次浏览
