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查询Tags标签： nii，共有 10条记录-
[python]-SimpleITK模块-医学影像标注nii.gz文件的读取与保存
SimpleITK模块以多种语言为 ITK 提供简化的接口，支持Python、R、Java、C#、Lua、Ruby、TCL 和 C++ 中的开源多维图像分析，由 Insight Toolkit 社区为生物医学科学及其他领域开发。 官方文档链接：https://simpleitk.org/# 在实际使用中，医学影像标注nii.gz文件的读取与…
2022/9/17 1:18:36 人评论 次浏览 -
python读写nii格式的数据
import nibabel as nb# 读取nii文件 nii_img = nb.load(320701join14654.nii) nii_data = nii_img.get_fdata() new_data = nii_data.copy()# 省略一些处理data的骚操作,比如： # new_data[new_data>0] = 1# 把仿射矩阵和头文件都存下来 affine = nii_img.affine.copy(…
2021/11/2 11:10:14 人评论 次浏览 -
python读写nii格式的数据
import nibabel as nb# 读取nii文件 nii_img = nb.load(320701join14654.nii) nii_data = nii_img.get_fdata() new_data = nii_data.copy()# 省略一些处理data的骚操作,比如： # new_data[new_data>0] = 1# 把仿射矩阵和头文件都存下来 affine = nii_img.affine.copy(…
2021/11/2 11:10:14 人评论 次浏览 -
Python将list矩阵保存为nii文件
import nibabel as nib import numpy as np# 首先读取nii文件并完成维度转换和NAN值替换 path=../data/ fileName=lactate.nii data = nib.load(path+fileName).get_fdata() data = data.transpose(2, 0, 1) dataTest = np.nan_to_num(data)# 某任务产生了新的list dataTe…
2021/8/10 11:06:29 人评论 次浏览 -
Python将list矩阵保存为nii文件
import nibabel as nib import numpy as np# 首先读取nii文件并完成维度转换和NAN值替换 path=../data/ fileName=lactate.nii data = nib.load(path+fileName).get_fdata() data = data.transpose(2, 0, 1) dataTest = np.nan_to_num(data)# 某任务产生了新的list dataTe…
2021/8/10 11:06:29 人评论 次浏览 -
7-18 nii.gz文件的处理
CBCT的分类结果是以nii.gz格式存储的，为此要对分类结果进行展示就必须对nii.gz格式文件进行解析，然后以合适的方式进行可视化。 同样的，前端js方面依旧缺乏解析的库，为此想了一个代替方案，通过后端python的SimpleITK 库对nii.gz格式进行解析，并由此生成不同视图的图…
2021/7/18 23:05:24 人评论 次浏览 -
7-18 nii.gz文件的处理
CBCT的分类结果是以nii.gz格式存储的，为此要对分类结果进行展示就必须对nii.gz格式文件进行解析，然后以合适的方式进行可视化。 同样的，前端js方面依旧缺乏解析的库，为此想了一个代替方案，通过后端python的SimpleITK 库对nii.gz格式进行解析，并由此生成不同视图的图…
2021/7/18 23:05:24 人评论 次浏览 -
Linux系统下dcm2niix_afni的shell语句报错：Example output filename：‘/1.nii.gz.nii.gz’
Linux系统下dcm2niix_afni的shell语句报错：Example output filename：‘/1.nii.gz.nii.gz’dcm2niix_afni -o /data1/JBJ -z y 9_MRfile -f 1.nii.gz报错： 修正： dcm2niix_afni -o /data1/JBJ -f 1.nii.gz -z y 9_MRfile即可完成操作
2021/6/18 7:10:13 人评论 次浏览 -
毕业设计 3
4.16跟学校申请了服务器，3090芯片，配环境什么的，跑了上次运行那个代码，巨快 然后想应付中期检查大概用这个代码改一下，问题出现了： 数据：nii数据要怎么处理，包括预处理，数据增强数据：给我的数据集好像是脑肿瘤的，那就是切割肿瘤，不太行吧我要分割各个组织ITK-…
2021/4/17 18:26:43 人评论 次浏览 -
nnunet(十三)data format inference
https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet/blob/master/documentation/data_format_inference.md Data format for Inference 推理的数据格式必须与原始数据的格式相匹配(具体来说，图像的格式必须与imagesTr文件夹中的格式完全相同)。与前面一样，文件名必须以唯一标识符开头，…
2021/4/7 18:09:04 人评论 次浏览
