Python将list矩阵保存为nii文件
2021/8/10 11:06:29
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import nibabel as nib import numpy as np # 首先读取nii文件并完成维度转换和NAN值替换 path='../data/' fileName='lactate.nii' data = nib.load(path+fileName).get_fdata() data = data.transpose(2, 0, 1) dataTest = np.nan_to_num(data) # 某任务产生了新的list dataTestGT=np.mean(dataTest[:,...],axis=0)[np.newaxis,...] resultImgs=[] inputImgs=[] for index in range(dataTest.shape[0]): im=dataTest[index] gt=dataTestGT[0] means = prediction.tiledPredict(...) resultImgs.append(means) inputImgs.append(im) # 保存list为nii resultImgsshift = np.array(resultImgs).transpose(1, 2, 0) new_header = nib.load(path+fileName).header.copy() new_data = np.array(resultImgsshift) new_img = nib.nifti1.Nifti1Image(new_data, None, header=new_header) nib.save(new_img, 'N2VPrediction.nii')
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